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Como el mundo bien sabe en la actualidad, las consecuencias de la falta de preparación y la respuesta descoordinada a un presunto brote epidémico pueden ser devastadoras para la salud.
La pandemia mundial de coronavirus ha puesto en evidencia que detectar rápidamente la existencia y propagación de un brote epidémico —y compartir dicha información— es crucial para limitar sus efectos. De hecho, es la primera medida esencial que deben tomar los organismos de salud pública al abordar una crisis sanitaria de esta magnitud.
El proyecto BIREHAB se puso en marcha en 2014 para evaluar el potencial de utilizar los datos de la secuenciación de nueva generación (SNG) con el fin de estudiar, diagnosticar y detectar brotes epidémicos.
Tal y como explica el catedrático Frank Aarestrup, jefe del Grupo de Investigación del Instituto Nacional de Alimentación de la Universidad Técnica de Dinamarca: «La SNG es una técnica que permite a los científicos determinar rápidamente una parte completa o específica de un genoma (la composición genética completa de un organismo). También ayuda a los investigadores a reconocer patógenos (los agentes responsables de enfermedades, tales como bacterias, virus, etc.) por medio de su información genética».
Aunque el proyecto comenzó años antes de la pandemia actual, sus hallazgos podrían tener implicaciones importantes en la forma de abordar tanto este brote epidémico como los siguientes.
Compartir los datos sobre los brotes
Aarestrup y su equipo estaban interesados en averiguar si la tecnología de SNG podría dar lugar a respuestas más eficaces para afrontar una amplia gama de amenazas provocadas por enfermedades transmisibles. Señala lo siguiente: «Nuestro objetivo era desarrollar una solución para recopilar, procesar y analizar datos de patógenos basados en secuencias. Si, posteriormente, esos datos se combinaran con otros datos clínicos, podrían proporcionar información vital a las autoridades sanitarias, que les serviría para determinar si es necesario actuar rápidamente en respuesta a un brote epidémico».
En el proyecto BIREHAB se empezó por demostrar cómo podía utilizarse la tecnología de SNG para tomar muestras y recopilar y secuenciar datos relativos a los brotes. Probar la utilidad de la metagenómica era un elemento interesante, que consistía en estudiar el material genético obtenido directamente de muestras ambientales. Aarestrup y su equipo mostraron cómo podía detectarse y analizarse la resistencia a los antimicrobianos y los virus en aguas residuales recogidas en todo el mundo. A continuación, el equipo trató de desarrollar soluciones para garantizar que tales datos pudieran compartirse con la comunidad científica, entre diferentes países e instituciones.
Aarestrup afirma: «BIREHAB concuerda plenamente con las ambiciones y los principios de la ciencia abierta. Desarrollamos soluciones novedosas para compartir datos de secuencias entre distintos países y científicos. También mostramos el valor de la SNG a la hora de detectar enfermedades de transmisión alimentaria, diagnosticar patógenos clínicos e identificar brotes».
Preparados para futuros brotes
Los resultados del proyecto BIREHAB se hospedan en una plataforma de envío y análisis de datos fácil de usar, compuesta por varios centros de datos. A través de ella pueden compartirse en abierto todos los datos de SNG. La plataforma soluciona cuestiones como el almacenamiento a largo plazo de datos de alta densidad y la necesidad de facilitar la búsqueda y la reutilización de dichos datos.
Aarestrup añade: «Este concepto se seguirá desarrollando a través de los proyectos RECODID y ECRAID de Horizonte 2020. En el proyecto VEO de Horizonte 2020, iniciado recientemente, los miembros centrales del consorcio BIREHAB expandirán aún más los resultados de BIREHAB. Se establecerá un sistema versátil de pronóstico y seguimiento».
También servirá como observatorio interactivo para generar y distribuir información destinada a evaluar riesgos y controlar enfermedades infecciosas de nueva aparición. Muchas de las actividades del proyecto se están acelerando debido al brote de COVID-19 actual.
Según explica Aarestrup: «BIREHAB ha cambiado el panorama de las enfermedades infecciosas de nueva aparición, los patógenos de transmisión alimentaria y las investigaciones clínicas. Cuando se inició el proyecto, combinar diferentes disciplinas, como centrarse en patógenos específicos o incluso en especies específicas, era todo un reto».
Aarestrup cree que, al menos en ciertos casos, esos obstáculos se han superado satisfactoriamente, lo cual permitirá garantizar que los datos importantes se compartan de forma aún más amplia entre las distintas disciplinas científicas. «Si bien es necesario seguir trabajando, este logro ha sido también un gran éxito del proyecto», concluye.