PDF Basket
Hele verden måtte lære det på den hårde måde – manglende beredskab og lange reaktionstider ved et formodet sygdomsudbrud kan have katastrofale sundhedsmæssige konsekvenser.
Med den globale coronaviruspandemi har vi måttet indse, at hurtig påvisning af forekomst og spredning af et sygdomsudbrud – og udveksling af disse oplysninger – er afgørende for at kunne begrænse følgevirkningerne. Faktisk er dette det afgørende første skridt for sundhedsmyndigheder ved en sundhedskrise som denne.
COMPARE-projektet startede i 2014 og skulle vurdere muligheden for at anvende NGS-data (næstegenerationssekventering) til at kortlægge, diagnosticere og påvise sygdomsudbrud.
»NGS er en teknik, som gør det muligt for forskere hurtigt at fastlægge et komplet eller en specifik del af et genom (en organismes komplette genetiske sammensætning),« forklarer professor Frank Aarestrup, afdelingschef i DTU Fødevareinstituttet på Danmarks Tekniske Universitet. »Den hjælper desuden forskerne med at genkende patogener (de organismer, der forårsager sygdomme, som f.eks. bakterier, vira osv.) via deres genetiske oplysninger.«
Projektet blev påbegyndt flere år inden den nuværende pandemi, men resultaterne kan have stor betydning for, hvordan vi tackler dette – og de næste – sygdomsudbrud.
Udveksling af data om udbrud
Aarestrup og hans team ville finde ud af, om NGS-teknologi kunne føre til mere effektive reaktionsforløb ved et bredt udvalg af trusler fra smitsomme sygdomme. »Vores mål var at udvikle en løsning, som kan indsamle, bearbejde og analysere sekvensbaserede patogendata,« fortæller han. »Hvis disse data så kombineres med andre kliniske data, kan det give sundhedsmyndighederne vigtige oplysninger. Dette kan hjælpe dem med at afgøre, om der er behov for en hurtig indsats ved et sygdomsudbrud.«
COMPARE-projektet startede med at vise, hvordan NGS-teknologi kan bruges til prøvetagning, indsamling og sekventering af udbrudsdata. Et interessant element var at bevise anvendeligheden af metagenomik. Det er studiet af genetisk materiale, som er indsamlet direkte fra miljøprøver. Aarestrup og hans team viste, hvordan antimikrobiel resistens kan påvises og analyseres i spildevand indsamlet over hele verden.
Teamet gik derefter i gang med at udvikle løsninger til at sikre, at sådanne data kan udveksles i hele det videnskabelige samfund, på tværs af forskellige lande og institutioner.
»COMPARE er helt på linje med ambitionerne og principperne for open science«, siger Aarestrup. »Vi udviklede nye løsninger til udveksling af sekventeringsdata mellem lande og forskere. Og vi viste værdien ved NGS til at påvise fødevarebårne sygdomme, diagnosticere kliniske patogener og identificere udbrud.«
Klar til fremtidige udbrud
Resultaterne af COMPARE-projektet videreføres via en brugervenlig platform til upload og analyse af data, som består af datahubs. Her kan alle NGS-data udveksles på det offentlige domæne. Platformen afhjælper problemer som f.eks. langtidslagring af højdensitetsdata og behovet for at gøre det lettere at finde og genbruge disse data.
»Konceptet udbygges gennem H2020-projekterne RECODID og ECRAID,« siger Aarestrup. »I H2020 VEO-projektet, som blev igangsat for nylig, vil de centrale medlemmer af COMPARE-konsortiet arbejde videre på COMPARE-resultaterne. Der vil blive oprettet et alsidigt system til prognosticering og sporing.«
Det vil desuden fungere som et interaktivt observatorium, hvor man kan generere og distribuere oplysninger om risikovurderinger og overvågning af spirende udbrud af smitsomme sygdomme. Mange af projektets aktiviteter fremskyndes på grund af det igangværende udbrud af covid-19.
»COMPARE har ændret landskabet for spirende udbrud af smitsomme sygdomme, fødevarebårne patogener og kliniske undersøgelser,« siger Aarestrup. »I begyndelsen af projektet var det en udfordring at kombinere forskellige fagområder, for eksempel at fokusere på bestemte patogener eller endda bestemte arter.«
Aarestrup mener, at det er lykkedes – i det mindste i visse tilfælde – at nedbryde sådanne barrierer. Det vil være med til at sikre, at vigtige data udveksles i endnu større omfang på tværs af forskellige videnskabelige fagområder. »Vi er ikke i mål endnu, men det har også været et af projektets gode resultater,« siger han.