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Alors que le monde ne le sait désormais que trop bien, un manque de préparation et une réponse léthargique face à une suspicion d’épidémie peuvent avoir des conséquences catastrophiques pour la santé.
La pandémie mondiale de coronavirus a démontré que la détection rapide d’une épidémie et de sa propagation, ainsi que le partage de ces informations sont essentiels pour en limiter l’impact. En effet, il s’agit de la première étape critique à suivre pour les organismes de santé publique face à une crise sanitaire de ce genre.
Le projet COMPARE a été lancé en 2014 pour évaluer le potentiel de l’utilisation des données de séquençage de nouvelle génération (SNG) afin d’étudier, de diagnostiquer et de détecter les épidémies.
«Le SNG est une technique qui permet aux scientifiques d’identifier rapidement un génome (la composition génétique complète d’un organisme) dans son ensemble ou une de ses parties spécifiques», explique le professeur Frank Aarestrup, responsable du groupe de recherche à l’Institut national de l’alimentation, attaché à l’Université technique du Danemark. «Il aide également les chercheurs à reconnaître des agents pathogènes (les agents responsables des maladies comme des bactéries, des virus, etc.) grâce à leurs informations génétiques.»
Bien qu’elles aient été initiées des années avant la pandémie actuelle, les conclusions du projet pourraient avoir des implications importantes sur la manière dont nous luttons contre cette épidémie, et dont nous lutterons contre les suivantes.
Partager les données relatives à l’épidémie
Frank Aarestrup et son équipe souhaitaient savoir si la technologie de SNG pouvait apporter de meilleures réponses face à un large éventail de menaces en matière de maladies transmissibles. «Notre objectif consistait à développer une solution afin de recueillir, de traiter et d’analyser des données d’agents pathogènes basées sur le séquençage», souligne-t-il. «Combinées par la suite à d’autres données cliniques, ces données pourraient fournir des informations essentielles aux autorités de santé publique. Ces dernières pourraient alors statuer sur la nécessité de mettre en place une action rapide en réponse à une épidémie.»
Le projet COMPARE a commencé par démontrer comment la technologie de SNG pouvait servir à échantillonner, à recueillir et à séquencer des données sur l’épidémie. Un élément intéressant a été de prouver l’utilité de la métagénomique. Il s’agit de l’étude du matériel génétique récupéré directement dans les échantillons environnementaux. Frank Aarestrup et son équipe ont démontré comment la résistance antimicrobienne et les virus pouvaient être détectés et analysés dans les eaux usées collectées dans le monde.
L’équipe a ensuite cherché à développer des solutions pour garantir le partage de ces données au sein de la communauté scientifique, dans différents pays et institutions.
«COMPARE respecte totalement les ambitions et les principes de la science ouverte», précise Frank Aarestrup. «Nous avons développé de nouvelles solutions pour partager les données de séquençage entre les pays et les scientifiques. Et nous avons démontré l’importance du SNG pour détecter les intoxications alimentaires, diagnostiquer les agents pathogènes cliniques et identifier les épidémies.»
Parés pour de futures épidémies
Les résultats du projet COMPARE sont alimentés grâce à une plateforme conviviale d’analyse et de téléchargement des données, constituée de centres de données. C’est là où toutes les données de SNG peuvent être partagées dans le domaine public. La plateforme aborde des problèmes tels que le stockage à long terme de données à haute densité, et le besoin de rendre ces données plus faciles à trouver et à réutiliser.
«Ce concept sera développé davantage grâce aux projets RECODID et ECRAID du programme H2020», ajoute Frank Aarestrup. «Dans le cadre du projet VEO H2020 récemment lancé, des membres de base du consortium COMPARE développeront davantage les résultats obtenus par COMPARE. Un système polyvalent de suivi et de prévision sera mis en place.»
Il servira également d’observatoire interactif afin de générer et communiquer des informations pour les évaluations des risques et le suivi de maladies infectieuses émergentes. De nombreuses activités du projet sont accélérées en raison de l’épidémie actuelle de COVID-19.
«COMPARE a changé le paysage des maladies infectieuses émergentes, des agents pathogènes alimentaires et des études cliniques», poursuit Frank Aarestrup. «Au début du projet, nous avons dû relever le défi de combiner différentes disciplines, comme le ciblage d’agents pathogènes spécifiques ou même d’espèces spécifiques.»
Selon Frank Aarestrup, du moins dans certains cas, ces obstacles ont été franchis. Cela permettra de garantir un plus large partage des données importantes à travers différentes disciplines scientifiques. «Même si le travail n’est pas fini, c’est également une réussite majeure du projet», conclut-il.