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Si le terme microbiome est le plus souvent utilisé en référence aux micro-organismes qui vivent sur notre peau ou colonisent notre intestin, ceux-ci sont également présents dans la nature, notamment dans les sols, les plantes et nos océans. Ces minuscules communautés ont un impact considérable sur les individus et la planète et pourraient jouer un rôle important dans la mise en œuvre de la stratégie européenne pour un système alimentaire résilient et adapté à l’avenir.
«Les microbiomes sont très importants et disposent d’un énorme potentiel d’innovation susceptible de profiter au système alimentaire mondial», explique Angela Sessitsch, coordinatrice du projet MicrobiomeSupport. «L’exploitation de ce potentiel exige toutefois une recherche coordonnée, ce qui n’a pas été le cas jusqu’à présent.»
Selon Angela Sessitsch, bien que la recherche sur le microbiome soit populaire et menée dans le monde entier, elle reste très fragmentée. «La plupart des recherches sont très cloisonnées, et la coopération entre les chercheurs est marginale», ajoute-t-elle. «Les chercheurs réinventent ainsi souvent la roue et doivent développer leurs propres outils et méthodes, qui existent peut-être déjà.»
Cette approche fragmentée et isolée constitue un obstacle à une recherche efficace et novatrice, c’est pourquoi l’action de soutien à la coordination MicrobiomeSupport s’est fixé pour objectif de briser ces silos de recherche.
Une carte pour une recherche coordonnée
Rassemblant des scientifiques de différentes disciplines, des acteurs industriels et des décideurs politiques, le projet a commencé par examiner le paysage actuel. «Notre objectif était de répertorier tous les programmes, activités, installations, méthodes, outils et travaux en cours dans le domaine du microbiome», explique Angela Sessitsch.
À partir de cette base de données, l’équipe du projet a dressé la carte de ce que devrait être la recherche d’ici à 2030. Cela a permis à MicrobiomeSupport d’identifier les manquements et de définir les programmes de recherche stratégique et d’innovation nécessaires pour combler ces lacunes au profit de notre santé, du climat, de l’environnement et des communautés.
Pour bien comprendre ces systèmes, il convient de considérer l’hôte et tous ses micro-organismes symbiotiques dans son ensemble, ce que l’on appelle un holobionte. La cartographie a toutefois confirmé que si la recherche sur le microbiome est menée dans de nombreux écosystèmes, elle demeure fragmentée, avec peu de connexions entre les disciplines. Les travaux ont mis en évidence la lente évolution de ce paysage, alors que de plus en plus de stratégies de recherche et d’innovation se concentrent sur les microbiomes.
«Cette évolution doit être rapidement traduite en activités de recherche pluridisciplinaire dans les systèmes alimentaires, en reliant les différents domaines de la recherche sur le microbiome à d’autres disciplines», explique Angela Sessitsch. «Cette recherche est particulièrement urgente pour garantir des systèmes alimentaires durables.»
Transformer les données en résultats
Le projet a également apporté son soutien à l’aspect technique de la recherche coordonnée, en mettant particulièrement l’accent sur les données.
«Conséquence de l’attention croissante portée à la recherche sur le microbiome au cours de la dernière décennie: nous assistons à une explosion de la disponibilité des données sur le microbiome, avec des milliers d’ensembles de données pertinents stockés dans des référentiels publics et privés», souligne Angela Sessitsch.
Cette immense bibliothèque de connaissances microbiennes n’a toutefois généré que peu d’avantages. La raison: un enregistrement incohérent qui complexifie l’utilisation des données dans les projets de recherche. «Les scientifiques ne parlent pas la même langue, ce qui complique la collaboration entre les équipes de recherche et les disciplines», ajoute Angela Sessitsch.
Pour aider à surmonter cet obstacle, le projet MicrobiomeSupport a rédigé un document qui met en exergue le besoin pressant d’harmoniser les normes en matière de métadonnées. Sur la base de conversations menées entre plus de 70 chercheurs et partenaires industriels, le document recommande un système convivial, bien structuré, flexible et compatible qui normaliserait la manière dont les données sont stockées et consultées, améliorant ainsi considérablement la possibilité de les récupérer et de les réutiliser pour faire progresser l’analyse du microbiome.
Du sol à l’intestin
Selon Angela Sessitsch, une alimentation sûre, saine et durable commence par le sol ou l’eau et se termine dans l’intestin humain, et chaque étape implique les microbiomes. «Les microbiomes du système alimentaire sont étroitement liés à différents environnements et constituent des acteurs essentiels à la santé humaine et planétaire», explique-t-elle.
Les travaux du projet visant à rationaliser la recherche et les données sur le microbiome faciliteront l’analyse du microbiome requise pour augmenter la durabilité des systèmes alimentaires, fournir des aliments sûrs et sains et, au bout du compte, améliorer la santé de l’intestin.
«En sensibilisant au rôle des microbiomes des systèmes alimentaires, en soulignant la nécessité d’une recherche coordonnée et en mettant en évidence l’importance d’une éducation et d’une formation appropriées, notre travail contribue à la mise en place d’un système alimentaire mondial durable garant d’une alimentation saine et sûre pour les générations futures», conclut Angela Sessitsch.